En 1861, el general Pedro Santana había arrebatado la presidencia a Buenaventura Báez, quien había quebrado la Tesorería de la Nación con grandes ganancias para sí mismo. Frente a una crisis económica, así como la posibilidad de un nuevo ataque de Haití, Santana pidió a España que retomara el control de su antigua posesión bajo la categoría de provincia, con tan solo 17 años de independencia. Al principio, la monarquía española estaba preocupada, pero con los Estados Unidos ocupados con su propia guerra civil e incapaces de imponer la Doctrina Monroe, consideraba que había una oportunidad para reafirmar el control en América Latina. El 18 de marzo de 1861, se anunció la anexión, y Santana se convirtió en gobernador general de la recién creada jurisdicción.
Sin embargo, este acto no fue bien recibido por todos. El 2 de mayo, el general José Contreras lideró una fallida rebelión, yFrancisco del Rosario Sánchez encabezó una invasión desde Haití (cuyo gobierno aunque oficialmente neutral, le preocupaba que España afianzase su poder en la zona), pero fue capturado y ejecutado el 4 de julio de 1861. Eventualmente Santana renunciaría a su cargo en enero de 1862 tras sostener diferencias con las autoridades españolas en Cuba que limitaron su poder y que destituyeron a sus amistades para colocar a peninsulares en los cargos de poder; la reina Isabel II le confirió elmarquesado de las Carreras como compensación por sus servicios al Reino.
Las autoridades españolas comenzaron a alienar a la población en general mediante el establecimiento de una política conocida como “bagajes”, que requería que los ciudadanos entregaran cualquier animal de trabajo a los militares españoles sin ningún tipo de garantía de indemnización. Esto fue especialmente problemático en la región del Cibao en el norte, donde los agricultores dependían de sus animales para su sustento. Un segundo factor fue cultural: el nuevo arzobispo de España se horrorizó al descubrir que un gran número de parejas dominicanas no estaban casados bajo la Iglesia Católica Romana. Esta situación se produjo debido al pequeño número de sacerdotes en el país, así como la pobreza y la falta de caminos y transporte para llegar a una iglesia para casarse. Con las mejores intenciones, el Arzobispo Bienvenido Monzón quería poner remedio a esta situación en un corto tiempo, pero sus demandas sólo irritaba a la población local que habían llegado a aceptar el estado actual de los nacimientos "ilegítimos" de forma normal. Económicamente, el nuevo gobierno también impuso aranceles más altos para los productos no españoles y los buques y trató de establecer un monopolio sobre el tabaco, contrariando a las clases comerciantes también. A finales de 1862, los funcionarios españoles estaban empezando a temer la posibilidad de una rebelión en la región del Cibao (el sentimiento anti-español no era tan fuerte en el sur). Por último, habían rumores de que España volvería a imponer la esclavitud y enviar a los dominicanos negro a Cuba y Puerto Rico.
Mientras tanto, España había emitido una orden real en enero de 1862 declarando su intención de recuperar los territorios que Toussaint Louverture había tomado por Haití en 1794. En un intento de sofocar los disturbios en Dominicana, las tropas españolas habían desalojado a los haitianos que vivían en estas áreas a lo largo de la frontera haitiano-dominicana. El presidente haitiano, Fabre Geffrard renunció a su posición de neutralidad y empezó a ayudar a los rebeldes dominicanos.
Guerra
El 16 de agosto de 1863, un nuevo grupo bajo el liderazgo de Gregorio Luperón y Santiago Rodríguezhizo una audaz incursión en el cerro de Capotillo(Dajabón) e izaron el pabellón dominicano. Esta acción, conocida como el Grito de Capotillo, fue el comienzo de la guerra.
Una ciudad tras otra en el Cibao se unieron a la rebelión, y el 13 de septiembre, un ejército de 6,000 dominicanos se atrincheró en la Fortaleza San Luis, enSantiago. Los rebeldes establecieron un nuevo gobierno al día siguiente, con José Antonio 'Pepillo' Salcedo como presidente, e inmediatamente calificó a Santana, que ahora era líder de las fuerzas españolas, como traidor. Salcedo intentó pedir ayuda a los Estados Unidos, pero fue rechazada.
España tuvo un momento difícil luchando contra los rebeldes. En el transcurso de la guerra, perderían más de 33 millones de pesos y sufrirían más de 10,000 víctimas (en gran parte debido a la fiebre amarilla). Santana, quien había sido venerado como un excelente estratega militar, se vio incapaz de romper la resistencia dominicana. En marzo de 1864, desobedeció deliberadamente las órdenes de concentrar sus fuerzas en torno a Santo Domingo y fue reprendido y relevado de su cargo por el Gobernador General José de la Gándara quien mandó a Santana a Cuba para hacer frente a una corte marcial. Sin embargo, Santana murió repentinamente antes de que esto ocurriera.
De la Gándara trató de negociar un alto el fuego con los rebeldes. Él y Salcedo aceptaron discutir los términos de paz, pero en medio de las negociaciones, Salcedo fue derrocado y asesinado por un grupo de descontentos encabezado por Gaspar Polanco. La facción de Polanco estaba preocupada de que Salcedo tuviera la intención de retornar al ex presidenteBuenaventura Báez, a quien los rebeldes odiaban tanto como odiaban a los españoles por sus acciones antes del golpe de Estado a Santana en julio de 1857. A pesar de que Báez se había opuesto inicialmente a la anexión española, una vez vivió en España con un subsidio del gobierno y tuvo el grado honorario de mariscal de campo en el ejército español. No fue sino hasta el final de la guerra que él volvió a la República Dominicana.
En España, la guerra estaba demostrando ser extremadamente impopular. En combinación con otras crisis políticas que estaban ocurriendo, que llevaron a la caída del primer ministro español, Leopoldo O'Donnell. El Ministro de Guerra de España ordenó el cese de las operaciones militares en la isla, mientras que el nuevo primer ministro Ramón María Narváezllevó el asunto ante las Cortes Generales.
El gobierno de Polanco fue de corta duración. Después de un nefasto ataque sobre la posición española en Montecristi y los esfuerzos para establecer un monopolio del tabaco en nombre de sus amigos, él mismo fue derrocado por Benigno Filomeno de Rojas y Gregorio Luperón, en enero de 1865. Dándole tregua a la lucha, la junta provisional organizó una nueva constitución, y cuando se aprobó, el general Pedro Antonio Pimentel se convirtió en el nuevo presidente el 25 de marzo 1865.
En el otro lado del Atlántico, las Cortes decidieron que no querían financiar una guerra por un territorio que en realidad no necesitaban, y el 3 de marzo de 1865, la reina Isabel II firmó la anulación de la anexión. El 15 de julio, las tropas españolas abandonaron la isla.
Secuelas
Aunque muchas ciudades dominicanas y la agricultura en todo el país fueron destruidas (a excepción del tabaco) durante la guerra, la Guerra de Restauración trajo un nuevo nivel de orgullo nacional a la República Dominicana. La victoria dominicana también le demostró a los cubanos y puertorriqueños que España podía ser derrotada. Por otro lado, en la política local, el liderazgo durante la guerra se concentró en las manos de pocos caudillos regionales, quienes podían ordenar la lealtad de las regiones. Este sistema de poder político se mantuvo hasta finales del siglo XX.
La política dominicana se mantuvo inestable durante los próximos años. Pimentel fue presidente durante sólo cinco meses antes de ser reemplazado por José María Cabral. Cabral, a su vez fue derrocado por Buenaventura Báez en diciembre de 1865, pero retomó la presidencia en mayo de 1866. Sus negociaciones con los Estados Unidos sobre la posible venta de la tierra alrededor de la Bahía de Samaná resultaron ser tan impopulares que Báez fue capaz de recuperar la presidencia una vez más en 1868.
En las relaciones dentro de la isla, la guerra marcó un nuevo nivel de cooperación entre Haití y la República Dominicana. Hasta ahora, Haití había considerado la isla de La Españolacomo "indivisible" y había intentado, sin éxito, conquistar la mitad oriental varias veces en el pasado. La guerra obligó a Haití a darse cuenta de que este objetivo era esencialmente inalcanzable, y fue sustituido por años de disputas fronterizas entre los dos países.
El 16 de agosto se conmemora un día de fiesta nacional en la República Dominicana, así como el día que el presidente dominicano es juramentado en su cargo cada cuatro años.
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